抗菌药物的选择一般应根据临床诊断、致病菌种类和药物的抗菌谱来选择有效的抗菌药物。但还应该考虑到抗菌药物的吸收、体内分布和排泄的特点，副作用和病人的全身情况。通常可先根据各种致病菌引起感染的一般规律（如痈主要由金黄色葡萄球菌引起，急性蜂窝织炎主要由链球菌引起），临床表现特点，脓液性状（有时可作脓液涂片检查），来估计致病菌种类，选择合适的抗菌药物。如2～3日后疗效仍不明显，则应更换药物种类。如有条件，对感染严重的病人，应在使用抗菌药物前，作脓液或血液细菌培养和药物敏感试验，以便根据结果换用有效药物。
对广谱抗生素治疗过程中的真菌感染的治疗，除尽可能停用广谱抗生素或换用窄谱抗生素外，对消化道真菌感染，一般可选用制霉菌素、咪康唑或克霉唑。对真菌性败血症，可选用氟胞嘧啶、二性霉素B、酮康唑或氟康唑。
在选用治疗外科感染的抗菌药物时，除先考虑适应证和有效性外，还应考虑药物的副作用、药源和费用等。
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